Het stationsgebouw van Kapellen is het oudste op gans de spoorlijn 12. Het eerste stationsgebouw - bij de opening van de spoorlijn in 1854 - was gebouwd in hout en was zeer klein. In datzelfde jaar werd dit vervangen door het huidige gebouw dat verscheidene keren werd verbouwd.
Het stationsemplacement bestond verder uit een seinhuis en een aantal uitwijksporen met een laad- en loskade voor de goederentreinen. Tot na 1945 werden er vele wagons geladen en gelost, maar bij de opkomst van het vrachtwagenvervoer daalde de bedrijvigheid op de goederenkade. De uitwijksporen zijn vanaf 1984 - op één na - allemaal afgebroken.
Het overgebleven uitwijkspoor had een aftakking naar Brasschaat, dat enkel voor militaire doeleinden gebruikt werd. Ondertussen maken de spoorfietsen - als toeristische attractie - gebruik van dit traject.
In 2005 werden de perrons geschrankt zodat de wachttijd aan de overweg met de Stationsstraat korter werd. Het oude perron richting Essen doet enkel nog dienst tijdens werkzaamheden of bij storingen op de lijn.